Ciao, credo che la soluzione migliore sia quella di creare un'altra tabella identica, ma con il campo Id autoincrementale e copiare tutti i dati dalla vecchia tabella, una volta fatto, cancellare la vecchia e rinominare la nuova. A questo punto ti trovi il lavoro fatto automaticamente.
Praticamente una cosa di questo tipo:
CREATE TABLE nuovatabella (id integer primary key autoincrement, campo1 text, campo2 text, campo3 text);
INSERT INTO nuovatabella(campo1, campo2, campo3) SELECT campo1, campo2, campo3 FROM vecchiatabella;
DROP TABLE vacchiatabella;
ALTER TABLE nuovatabella RENAME TO vecchiatabella;
Saluti