(quando pubblichi un errore, fai click col tasto destro sul messaggio d'errore, copia e incolla, così sarà completo).
Mai capitato e mai litigato con... questa roba; ma ho cercato e, non ne sono certissimo, visto che ho letto tutto molto velocemente, dovresti provare ad aggiungere questa direttiva nell'Activity Main:
#MultiDex: True