Dipende dalle necessità che hai.
Se ritieni utile mantenere una particolare versione di B4A, quando ne installi una diversa dovresti utilizzare una cartella differente; mai sovrascrivere.
In questo modo ciascuna versione attingerà alle librerie interne specifiche di quella versione.
Discorso a parte per le librerie esterne. Come saprai in Tools/Configure paths dovrai indicare la posizione di javac.exe (dipende dalla versione java installata, e anche queste potrebbero essere più di una benché sarebbe bene avere le più aggiornate per motivi di sicurezza), SDK Manager (questo dipende dalla versione B4A e provvede a scaricare un bel po' di roba dai repository ufficiali, quindi dovresti avere cartelle di destinazione differenti in modo da non mescolare versioni incompatibili di oggetti), Additional libraries (dove memorizzi le librerie scaricate dal forum o da te create; anche qui puoi aspettarti incompatibilità tra librerie compilate per una versione di B4A e le stesse compilate per versioni successive, quindi valuta bene se avere cartelle separate o in comune).
Infine, se hai un firewall attivo, devi ricordare di aggiornare (aggiungere) regole opportune per le varie versioni di B4A altrimenti di colpo nulla sembra più funzionare...
ps: tuo punto 3; purtroppo dovrai aspettarti di dover modificare diversi punti dei tuoi vecchi programmi. Da Android 6, ogni occasione è stata propizia per Google per introdurre modifiche sostanziali (e stringenti) limitando sempre più la nostra libertà (dicono per questioni di sicurezza, dicono..).
