No hay de qué.
No sé si lo entiendo bien. Aunque con B4J puedes hacer un servidor web completo o páginas web, en este caso sólo haces la parte que accede a la base de datos. No sé si la solución que tienes con apache+php+tomcat la tienes sólo para acceder a la base de datos y servir datos a la aplicación o si tienes hecho una web para gestionar la base de datos etc... Como te digo, JRDC2 sólo sustituirá al acceso a datos para servirlos a la app.
No soy un experto, pero sí, correrá sin problemas. Cuando estás desarrollando, verás en los logs de B4J los problemas que tengas en el acceso a la base de datos. Estos mismos mensajes son los que verás que se guardan en el archivo de registro.
Por ejemplo, yo lo tengo en un servidor Synology, lo ejecuto como
nohup /var/packages/Java8/target/j2sdk-image/bin/java -jar /volume1/web/jRDC.jar > /volume1/web/nohup.out
Y efectivamente, en el fichero nohup.out veo los mensajes de registro
jRDC is running (version = 2.21)
(SQLException) java.sql.SQLException: Field 'NA' doesn't have a default value
(IllegalStateException) java.lang.IllegalStateException: WRITER
Command: , took: 9264ms, client=193.152.121.148
En este caso, busca info de cómo ejecutar una aplicación Java desde linux como un servicio, estoy seguro de que no será complicado y será cuestión de agregar a algún archivo .ini una línea del tipo de lo que te he puesto arriba