https://play.google.com/store/apps/details?id=es.plus42.gesruta.appmoviles
He encontrado otro post que presenta el mismo problema que me sucede:
https://www.b4x.com/android/forum/threads/al-actualizar-mi-app-crea-varias-instancias.35314/
La solución que aporta es correcta, ya que en vez de darle al botón abrir, si sale o pulsa el botón listo, funciona perfectamente, pero los usuarios van directos al botón abrir.
He probado a cambiar las siguientes propiedades en el fichero manifest en todas las actividades:
SetActivityAttribute([actividad],android:finishOnTaskLaunch, "false")
SetActivityAttribute([actividad],android:clearTaskOnLaunch, "false")
SetActivityAttribute([actividad],android:alwaysRetainTaskState, "true")
SetActivityAttribute([actividad],android:autoRemoveFromRecents, "false")
SetActivityAttribute([actividad],android:documentLaunchMode, "none")
SetActivityAttribute([actividad],android:launchMode, "singleTask") en vez de singleTop
pero no se inmuta, tras varias horas luchando no soy capaz...