Innanzitutto con la riga
List1 = File.ReadList(File.DirRootExternal, "RCHangar/ListModel.txt")
non leggi una riga di testo ma leggi tutta la "List1" che avevi precedentemente salvato, per cui con il problema di "leggere una riga dal file txt" non c'entra nulla, sarebbe stato meglio quindi aprire una nuova discussione.
Comunque........
più che indagare come mai non appaiono i campi vuoti in lettura, io controllerei prima di tutto se il file è stato scritto regolarmente, a me infatti dà tanto l'impressione di un errore in fase di scrittura piuttosto che in lettura.
Il sistema veloce per risolvere la situazione è modificare questa riga in
Dim stringArray() As String = Regex.Split("\|", stringTemp & "||||||")
ma è solo una "pezza", io indagherei meglio su quello che è stato scritto sul file