Sicuro che ti serva solo una matrice di interi? Come se fosse MiaMatrice(x, y, z) = 99 ?
Se è cosi, parlando di DB in generale, potresti creare una tabella con due campi.
a) il primo sarà l'indice della matrice.
b) il secondo, il contenuto (99 nell'esempio).
Per "costruire" a) hai due possibilità:
1) usare un campo di testo, unendo i valori da 0 a 99 di ogni dimensione (es. avrai un record con "010971" e valore 99 che corrisponderà a MiaMatrice(1,9,71) = 99)
2) usare un campo numerico e sviluppare una funzione che lo calcoli, passandogli x,y,z (un po' più complicato, anche perché forse ti servirà anche la "funzione inversa" per ottenere da un indice le tre coordinate). Il calcolo è un po' come usare un "sistema centenario" invece che decimale, binario, ottale... cioè un "sistema a base 100".
Sia che usi 1) o 2), anche se il primo valore utile non si troverà in (0,0,0) ma, come nell'esempio, in (1,9,71), non dovrai avere subito 100x100x100 = 1.000.000 di record