Buenos días, no se puede editar un archivo usando el protocolo FTP, recuerda que FTP es solo un protocolo de transferencia de archivos y que yo sepa no existe ningún comando para esa función, lo que puedes hacer es descargarlo en local, editarlo y volverlo a subir.
Te dejo los comando que puedes usar en ftp, la fuente es wikipedia.
Igual me parece que dependiendo de la cantidad de actualizaciones, tendrías una saturación en la capa de transporte, lo mejor seria hacer un programa pequeño en B4J con sockets y un objeto serializado, así le envías el objeto que contiene el comando "guardar" y los datos, así el microservicio abre y guarda los datos.
Erel hizo un tutorial de TCP/IP con objetos serializados B4X en: https://www.b4x.com/android/forum/threads/b4x-network-asyncstreams-b4xserializator.72149/#content