Gracias por la ayuda, ya solucione mi problema, no lo hice eliminado los mensajes, lo que realice fue hacer un servicio que corre en un teléfono x, y realizar una app para el móvil que crea el mensaje.
Esto hace que cuando se crea un mensaje se guarda en una bd y el servicio recupera los datos y envía el mensaje al numero que se guardo en la bd, luego recupera la respuesta y la bd, esto lo realizo con un ID compruebo que el numero que retorna el mensaje este en la bd y el ID que retorna se el mismo que se envió por mensaje, esto es para registrar en dispositivo de huellas conectado a un gps, para esto siempre la respuesta sera la misma.
Y de esta manera la persona que registe los usuarios no vera jamas los comandos enviados por SMS.