Non so esattamente (letto forse troppo in fretta) cosa dovrebbe fare il tuo progetto per Windows ma la mia idea è diversa.
Non pensavo ad un generatore, ma ad un (o magari più d'uno) progetto base, con le funzionalità (e moduli di base.
A parte che penso che nella maggior parte delle app alcuni moduli (vari tipi, activity, di codice, di servizio), si potrebbero creare dei modelli di app.
Cioè, sempre tramite un sw per Windows (o in b4j, così può girare anche su altri S.O.), si potrebbero gestire dei progetti modello; il sw mostrerebbe un elenco dei nomi di questi progetti, tu ne selezioni uno, tasto "crea" ed il sw copia i file necessari in una nuova cartella di progetto. A questo punto si potrebbe anche creare il file b4a, usandone uno base ed aggiungendovi il necessario ma temo che questo file b4a potrebbe cambiare struttura, in futuro, nelle future versioni di b4a.
Potrebbe appoggiarsi ad un db che contenga appunto i nomi dei progetti modello (tabella principale) ed una tabella per ogni tipo di modulo, con relativo path; però quale db? Un SQLite? Si può fare anche in altro modo, salvare una o più map (ad esempio una map per ogni progetto modello).
L'importante è però tenere in considerazione le eventuali relazioni tra moduli; ad esempio, un'activity o una classe potrebbero sfruttare routine di un modulo di codice.
Penso che la prima cosa da fare potrebbe essere quella di elencare le funzionalità base di un'app android ed i moduli necessari, come ad esempio, Main (quali funzioni dovrà svolgere), Activity per registrazione-login-autenticazione utente, activity separata per splash screen? etc.